小康学习

  阅读前请注意: 1.此文仅是我看Martini文献的一些总结，若需要使用Martini力场建议仔细的查看官网信息和相关文献。此文花费较大精力，若有什么意见或者建议欢迎发邮箱交流。邮箱为kangsgo@vip.qq.com 湖大-小康 2.由于我只关注蛋白模拟，故只查阅了Martini力场2.2的文献以及蛋白参数文献 3.此笔记对于Martini性能评测部分只关注了部分内容M... Continue reading...

阅读前请注意: 1.此文仅是我看Martini文献的一些总结，若需要使用Martini力场建议仔细的查看官网信息和相关文献。此文花费较大精力，若有什么意见或者建议欢迎发邮箱交流。邮箱为kangsgo@vip.qq.com 湖大-小康 2.由于我只关注蛋白模拟，故只查阅了Martini力场2.0的文献以及蛋白参数文献 3.此笔记并未包含Martini力场性能测评部分，可能后续会加上粗粒化（... Continue reading...

本文转自:小ks强博客的ubuntu16耳机没声音解决 由于需要用到GPU显卡用于 gromacs计算，但是装了CUDA驱动后就没有声音了，网上很多办法都没解决，今天看到这个方法完美解决 首先用在终端输入如下命令，安装pulseaudio音量控制软件 1sudo apt install pavucontrol 终端输入指令pavucontrol，在配置中将HDA NVIDIA设置为关，下面设... Continue reading...

此篇文章是简单的归纳总结官网的Rendering CG bonds & constraints with VMD, 查看的时候的时间为16 August 2017，请注意时效性。 该脚本分为两个版本，一个是gromacs5以前版本，一个是gromacs5版本（包括2016），以下均以cg_bonds-v5.tcl为例 使用方法：使用的方法与VMD其他脚本类似，即source一下即可 ... Continue reading...

看了贾壮老师的博文Gromacs中添加CHARMM力场发现不同软件的力场数值是不一样的，进一步分析可以发现就是单位的变化导致的，所以在这里总（chao）结（xi）常用的力场软件使用的单位。 以下是常用的单元系统 UnitSystem Length unit Mass unit Time unit Charge unit Temperature ... Continue reading...

首发时间: 2015年12月9日 更新时间:2017年9月13日 一、安装Linux版Gaussian例如安装在/home/kangsgo/install/g09下，下同 首先解压 123456789unzip gaosi09-D01.zipmv g09D01 g09cd g09mkdir scratchgedit ~/.bashrc 在里面加入 123export g09root=/hom... Continue reading...

由于gromacs需要二面角参数，然而文献中给的CHARMM力场的二面角力场不够，正好看到amber有非标准残基的制作，所以想看一下能不能出坑，没想到一坑比一坑高，爬出一个坑又掉进另外一个坑，坑坑相连，所以在这里把amber非标准残基的小坑给理清楚，给后来人，当然等我非标准氨基酸残基系统的跑完以后会分享给大家完整的流程，大家同样可以看一下是否可以跑出来。 问题1在使用如下命令生成bcc电荷时... Continue reading...

转载自:李思琪的博客，由于没有联系上作者未授权，自己的在写，写完就删除该转载：http://blog.csdn.net/sinat_23241095/article/details/53836200 在amber教程中给出了相关的教程，具体流程都是根据这个教程来制作的。 http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/ 但是他的电荷使用的是bcc电荷... Continue reading...

转自贾壮老师博客:http://blog.sciencenet.cn/blog-794272-718384.html 待整理 CHARMM力场提供了很多生物分子的力场参数，如蛋白质、脂质、核酸等，Gromacs中自带了CHARMM27力场，当然也可在Gromacs官网上下载到已转换成Gromacs支持的CHARMM36力场。不过使用Gromacs做MD模拟的朋友如果想模拟一个Gromacs中... Continue reading...

最近在捣鼓一个蛋白，而蛋白内包含有标准残基，弄了许久也没弄进去，谷歌的时候找到一个gromacs添加力场的流程，故简单翻译一遍分享给大家，若需要查看完整的内容可以移步官网:http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field 如果你有新的残基想要放入已存在的力场文件中，从而使得可以使用... Continue reading...