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原文连接失效了，此为PDF版本：VMD-animations VMD版本 第一步： 提取轨迹。 往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。 第二步：导入轨迹 安装VMD，然后先导入十进制文件，再导入二进制轨迹文件（这些简... 閱讀全文…

待编辑： http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/att-15365/PorcupinePlot.tcl http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/9391.html   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/p... 閱讀全文…

今天把新电脑装了Ubuntu15.10，装GPU加速版本，但是在gromacs安装的时候出现了问题，在cmake那一步就出错，make时也报错，make check直接显示找不到文件。 看错误日志发现CUDA的字眼，猜测是CUDA驱动版本是15.04的缘故，在网上搜，发现了相关教程。贴图如下： 按照先前安装教程安装 1.终端输入如下：1**nvcc -V**(注意大写V) 应该有类似输出：1... 閱讀全文…

标题：Molecular Dynamics Analysis Reveals Structural Insights into Mechanism of Nicotine N -Demethylation Catalyzed by Tobacco Cytochrome P450 Mono-Oxygenase 杂志：Plos One 年份: 2011 影响因子：3.24 文章下载：参考文献po... 閱讀全文…

原文名称：Automatic GROMACS Topology Generation and Comparisons of Force Fields for Solvation Free Energy Calculations 接受日期：2014年10月26日 影响因子:3.32 文章下载：本地下载 摘要：现在我们提供一个新的框架，这个框架能够全自动的生成GROMACS拓扑文件对于许多（an... 閱讀全文…

杂志：Am J Cancer Res 影响因子：3.98 接收：2015年8月 发表：2015年11月 一篇伊朗的研究论文 题目：Molecular dynamics simulation on the low sensitivity ofmutants of NEDD-8 activating enzyme forMLN4924 inhibitor as a cancer drug 全文... 閱讀全文…

王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:07:29@吴萌@上海 ,取残基中两个特定原子间的距离可以吗，比如alpha碳，如果是残基质心的话，我觉得需要自己动手写脚本吴萌@上海(2425896046) 9:10:25我想分析的是两个residue间的距离随时间的变化情况王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:11:53每个残基好多原子，怎... 閱讀全文…

我们常常遇到想要选取配体周围几埃范围内的氨基酸，这样更有利于我们分析配体和周围氨基酸的作用。首先我们可以通过命令 12345678#ligand为选择配体的名字select ligand，resn x#设置为红色color red， ligand#配体5埃范围内的残基select 5A， byres ligand around 5show sticks, 5Acolor yellow, 5A... 閱讀全文…

g_mmpbsa现在可以不编译直接用，非常的方便，现在提供了4.5.x，4.6.x和5.0.x三个版本，暂时不支持5.1以上版本。 1.安装教程 先从这里下载预编译版本 1234tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gzcd binsudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/.sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/. 也可以设置环境... 閱讀全文…

这个主要是rostta下载的时候没有速度，所以想拖到vps上然后下载。 方法为在hostloc的朋友告知 wget http://user:passwd@url.com/xxx.files.tar.gz 閱讀全文…