mdtraj安装有两种方式,一种是用conda,比较方便省事,先安装conda

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# 下载时要看清楚 Anaconda3 还是 2,对应的是 Python 3.5 和 2.7
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/Anaconda3-2.5.0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2.5.0-Linux-x86_64.sh

设置安装目录以及添加环境变量到bashrc

若使用的为zshrc的话自己需要改一下,修改办法可以查阅我之前的博文

然后:

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conda install -c omnia mdtraj

另外一个办法就是用pip安装,我选用的这个方法:

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pip install numpy cython

因为我直接安装报错,提示以上两个版本不够,所以先安装numpy和cython

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pip install mdtraj -i https://pypi.douban.com/simple

选用的是豆瓣源,因为官方老是下载不下来````

镜像可以参考:

http://pypi.douban.com/  豆瓣
http://pypi.hustunique.com/  华中理工大学
http://pypi.sdutlinux.org/  山东理工大学
http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/  中国科学技术大学