ANACONA Cloud使用

Anaconda是著名的python科学管理包,具有linux和windows两个版本,用来写Markdown或者python文档非常好用。特别是ipython notebook(Jupyter notebook) 更是一绝。Anaconda包含一个could包,提供3G的空间用来存储云笔记,类似与github,但是差别是自己看的,比较合适保存自己的文档。 继续阅读

[转载]Gromacs分析教程(一)

这个教程其实比较老了,但是分析比较初级和经典,每次都要百度,故转载过来自用:

(备注:本教程原著为John E. Kerrigan童鞋,覆盖较全面,本人甚喜欢。此文为精简版。 )

分子动力学模拟计算的重点在于分析。产生分子动力学轨迹文件和能量文件,是分子动力学研究的开始。以下介绍的是一些有用的分析工具。

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LigPlot+官方手册初译

由于自己想用LigPlot作图,但是做出来的图并不理想,有一些氨基酸残基并不能被绘制上去,所以想看以下有没有解决办法。(最后发现还是无法这么弄)

LigPlot+是LIGPLOT和DIMPLOT项目的图形终端。绘图生成的项目可以交互式的在界面上编辑,然后写PostScript文件来绘图或者转换成其他的图像格式。除此之外,你可以叠加相关的LIGPLOTs 蛋白结合相似或者相同的配体,或者相同/相似的配体在不同的蛋白中。

LIGPLOT 自动生成缩略图在蛋白配体复合物PDB文件中蛋白配体的相互作用图

DIMPLOT 绘制选择的蛋白蛋白或者结构域结构域表面的相互联系

File->Open->PDB File

我们着重介绍LIGPLOT

ligplot_tab

1.选择配体,你希望绘制的,在如上清单里

另一个方法就是你可以输入你在盒子里想要的残基范围。残基范围能够在如下中选择:

例子

18 20 A 残基范围:起始-结束残基,链ID,如果连ID为空则被忽略

NAG 18 MAN 20 A 残基名称和数量,增加连ID

key

如上为图形的标志